小分子活性肽作为疫苗、诊断试剂、药物以及药物先导化合物已成为药物研究领域的新趋势。小分子活性肽有多种筛选方法：基于噬菌体展示肽库、随机合成多肽库、反义多肽库、蛋白质降解（酶法、化学法）、MHC-多肽复合物、蛋白质结构和蛋白质结构预测等。
噬菌体展示肽库筛选是比较成熟的筛选方法。通过3轮筛选，可获得较理想的菌株，通过DNA测序推测其表达的小分子肽序列，再通过定向合成来验证小分子肽的生物活性。其缺点是库容多样性易受到多种因素的影响，且获得的是小分子肽亲和力较低。
随机合成肽库可根据客户的需求进行合成，通常生产周期短，库容大，合成一个含10个氨基酸的肽库，其库容可达到1012。通常随机合成肽库有2中合成方法：分开再混合（split and mix）和氨基酸预混合（pre-mix）。分开再混合的方法获得的肽库，其不同序列的含量较一致且每个树脂球只含有一种多肽。氨基酸预混合法获得的肽库，其不同序列的含量千差万别，可能会造成筛选失败。由于库容过于庞大，对筛选到的活性多肽进行结构鉴定是非常具有挑战性的一项工作。
反义肽库筛选，反义肽库是根据生物学原理设计的肽库，其筛选成功率高，但需要确定目标蛋白关键区域的氨基酸序列。通常可以运用Clustal X等生物信息分析软件进行比对分析确定关键区域的氨基酸序列。氨基酸序列确定后，根据Meker-Idlis（M-I）理论，设计反义肽库。此时，可以直接合成反义肽库进行多肽筛选，也可以通过软件（Discovery Studio）进行模拟筛选获得容量更小的肽库。此类筛选方法由于目标明确且肽库库容较小（一个含10个氨基酸的反义肽库，其库容仅103。），较容易筛选到目标多肽并进行结构确认。
筛选到目标多肽后，可以通过构建不同的多肽文库，进行功能区域的确认和筛选到活性更强的多肽。
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