多肽的不稳定性是其制剂研究中存在的主要问题之一，其原因较多。但对某一个多肽来说引起不稳定的主要原因并不多。详细研究外界条件(如PH、温度、光照、氧浓度等)对多肽稳定性的影响有助于设计合理的制剂配方。尽管添加剂稳定多肽的机制还不十分清楚，使用添加剂仍是目前提高多肽制剂稳定性的主要手段之一。应用CD、DSC等分析手段可帮助快速筛选到合适的添加剂。
引起多肽不稳定的原因
1.脱酰胺反应
在脱酰胺反应中，Asn/Gln 残基水解形成Asp/Glu。非酶催化的脱酰胺反应的进行，在Asn-Gly-结构中的酰胺基团更易水解，位于分子表面的酰胺基团也比分子内部的酰胺基团易水解。
2.氧化
多肽溶液易氧化的主要原因有两种，一是溶液中有过氧化物的污染，二是多肽的自发氧化。在所有的氨基酸残基中，Met、Cys和His、Trp、Tyr等最易氧化。氧分压、温度和缓冲溶液对氧化也都有影响。因此，多肽可以充N2气或其它惰性气体后，放在低温下保存；溶解时可以用脱气的溶剂进行溶解。
3.水解
多肽中的肽键易水解断裂。由Asp参与形成的肽键比其它肽键更易断裂，尤其是Asp-Pro和Asp-Gly 肽键。
4.重排
多肽中的Asp-Gly 肽键在合成过程中容易发生重排，同样在纯化和保存过程中也有重排发生，只是比例较低。
5.形成错误的二硫键
二硫键之间或二硫键与巯基之间发生交换可形成错误的二硫键，导致三级结构改变和活性丧失。因此，含有二硫键的多肽需要恰当的保存，在保存过程中远离还原试剂和巯基试剂，以免二硫键断裂或错配。
6.消旋
除Gly外，所有氨基酸残基的α碳原子都是手性的，易在碱催化下发生消旋反应。其中Asp、His及C端的Cys残基最易发生消旋应。
7.β-消除
β-消除是指氨基酸残基中β碳原子上基团的消除。Cys、Ser、Thr、Phe、Tyr 等残基都可通过β-消除降解。在碱性PH下易发生β-消除，温度和金属离子对其也有影响。
8.变性、吸附、聚集或沉淀
变性一般都与三级结构以及二级结构的破坏有关。在变性状态，多肽往往更易发生化学反应，活性难以恢复。在多肽变性过程中，首先形成中间体。通常中间体的溶解度低，易于聚集，形成聚集体，进而形成肉眼可见的沉淀。
蛋白质的表面吸附是其贮存、使用过程中遇到的另一个令人头痛的问题，如riL-2在进行灌注时会吸附在管道表面，造成活性损失。
多肽的保存
多肽产品的稳定性不仅和多肽的序列有关，很大程度上也取决于生产工艺，不同的工艺得到的产品稳定性有很大差异，特别是含有Cys、Gln、Met、Asn、Trp等氨基酸的序列。
需要长期保存的多肽，应以冻干粉形式存放在含有干燥剂的密封容器内，置于-20°C保存，-80°C效果更好，可以最大限度地避免多肽降解。这种储存方式可以使多肽可保存数年，避免了被细菌降解和氧化，也可以避免二级结构的形成。如果序列中含有Cys、Met等易氧化氨基酸，建议充氮气后低温保存。对于部分产品，可以加入稳定剂进行保存。
另外，含有二硫键的序列，需要避免还原试剂或巯基时间的接触，否则易造成二硫键的交换而造成错误二硫键，或二硫键被还原造成二硫键打开，从而失去生物活性。